波罗的海地区，有几条公路由东普鲁士经波罗的海国家通往列宁格勒，但是公路质量极差。除涅曼河、大纳尔瓦河外，还有许多沼泽地带和茂密的森林，让人望而生畏。列宁格勒与莫斯科之间的瓦尔代丘陵及其周围地区，林木茂盛，沼泽遍布，不利于装甲部队行进。
将领们还提出，苏联腹地是个漏斗形，突破得越深，正面就越开阔，开始时的一千三百英里锋面将迅速扩大到两千甚至三千英里。除非苏军在贝帕斯湖—明斯克—基辅一线以西的边界附近被歼灭，不然德军没有足够的力量扼守深入腹地时不断加宽的正面。
后备军总司令弗洛姆谈了自己的看法，他认为在一片辽阔地区向六七百万人、近百万匹马的部队进行补给，会非常困难。何况，这个地区公路寥寥无几，铁路不能直达，因为苏联人的铁轨比德国和中欧国家使用的都要宽。
另外，现在部队后勤状况不佳，刚刚结束的中东及北非作战调用兵力虽然不多，但连续的作战消耗了巨大的物资，目前坦克、装甲车及摩托车辆奇缺，虽然占领了产油地利比亚和埃及，但要转化为燃油还需要三到五个月，库存油料仅仅能支撑半年使用，由于缺乏天然橡胶与合成橡胶，轮胎也成了问题。
通过这番推演，陆军总司令勃劳希契大吃一惊，他没想到威风八面的国防军，竟然存在这么多问题。他想了想，问道：“我的元首，请问空军是否有能力同时支持西线、东线和南线三线作战？”
希特勒犹豫了一下，看向戈林。戈林立即回答：“没问题，如果对苏战争不拖长的话，空军就能在三条战线上作战！”
勃劳希契皱了皱眉头，沉默下来。
陆军参谋长哈尔德上将发言说：“若是要进攻苏联，那么中央集团军群的主要突击方向，就应该是莫斯科，不能有半点儿含糊，同时两翼还必须配备有强大的装甲部队，以应付来自波罗的海或乌克兰的侧翼攻击。”
希特勒自信地一笑：“对苏战争的目的，是保卫帝国领土不受天空和陆地的攻击，保护柏林及西里西亚的工业区，这就需要距离与纵深，使得粉碎后的苏联成为一些非武装的社会主义行省，自波兰边境到伏尔加河，全由德国人驻防和统治。伏尔加河以东的原始土地，冰冻的西伯利亚，则留给疲弱的远东共和国，以作为和南华共和国的缓冲。我们要确保，从欧亚大陆的任何地区，没有轰炸机能够飞到德国。”
随后，希特勒进一步补充道：“根据我的推测，战争开始后，苏联会死守波罗的海与乌克兰，因为那里有海港，在经济上至关重要，而对于中部，斯大林会慷慨相让。因此，中央集团军群的装甲侧翼，要准备向北进入波罗的海，向南进入乌克兰。”
看到希特勒主意已定，将领们齐声赞扬，称这是一个伟大的计划，而勃劳希契及哈尔德在保留自己意见的基础上，听从希特勒的指示，迅速开始制定作战计划。
五月十九日，希特勒以德国武装部队总司令的名义，发出了新的作战指令——巴巴罗萨计划。
按照计划要求，德国武装部队必须在准备对英战争结束之前，以一次快速战役，彻底击溃苏联，准备工作必须于下月十五日以前完成。
在希特勒主动制定的这份计划中，进攻苏联分为两个阶段：
第一阶段，首先用突然袭击的方法，消灭苏联西部军区的军队，然后在空军的掩护下，以坦克部队为先导，长驱直入，向苏联腹地进攻。
欧洲方向，进攻路线分南、北、中三路，北方集团军群共计二十九个师，在以一千多架飞机的掩护下，由东普鲁士出发，经德文斯克、奥斯特洛夫，直取列宁格勒；
中央集团军群共五十一个师，在一千六百架飞机的掩护下，由华沙以东出发，经布列斯特、明斯克、斯摩棱斯克，向莫斯科进攻；
南方集团军群共六十三个师，在一千四百架飞机的掩护下，在卢林堡至多瑙河口地区展开，向基辅进攻，然后向顿巴斯进击。
亚洲方向，土耳其集群共十六个师，同时辅以四十个土耳其旅，在一千一百架飞机的掩护下，越过边境，进入苏联的外高加索各加盟共和国，第一时间抢占苏联最重要的产油区巴库油田。
第二阶段，各集团军群进攻苏联的后备军，占领阿尔汉格尔斯克、斯大林格勒和阿斯特拉罕，这一地区将成为德国的东部边境。
这是希特勒一手指导制定的宏伟计划，就连海德里希也被排除在外。计划只印了九份，三军各一份，由司令官收藏，其余的则保存在最高统帅部。希特勒指示，参与这一机密的军官人数要尽可能少，不然，准备工作就会有泄露的风险，在政治上和军事上导致最严重的后果。